سعید آقایی در سطح نوجوانان و جوانان برای تیم ملی ایران بازی کرده و در مسیر رسیدن به المپیک ۲۰۱۶ ریو نیز عضو ثابت تیم ملی امید زیر ۲۲ سال بود.